Che elfoglalta a parancsnoki házat és a szomszédos szobában szállásolta el az afro-kubai kísérőjét. Ez sok embert megdöbbentett, mivel akkoriban még nem létezett Kubában a fajok közötti integráció. Sok fekete és mulatt ember harcolt a lázadó seregben (rabszolgák leszármazottjai, akiknek az őseit még a spanyolok szállították Kubába, hogy a földeken és a cukormalmokban dolgozzanak), és nem súlytották őket olyan elkülönítő intézkedések, mint az USA-ban élő afro-amerikaiakat, de nem is bántak velük egyenlő módon és nem foglalhattak el magas pozíciókat. Che azonban megjelent és minden erejével harcolt azért, hogy mindenki egyenlő legyen, tekintet nélkül a bőrszínére vagy a származására.
Interjúkat adott a helyi sajtónak és telefonon keresztül egy argentín újságnak.

Január 8-án az egyhetes kubai diadalút után Fidel Castro megérkezett Havannába - a televízió minden nap beszámolt a lelkes fogadtatásokról. Che Aledia-val Matanzas-ba hajtott, hogy Fidellel együtt tegye meg az utolsó útszakaszt.
Másnap Che a repülőtéren fogadta a szüleit, öccsét, Juan Martin-t, a húgát, Celia-t és a férjét. (A két másik testvére a munkája miatt Buenos Aires-ben maradt.) A meghívás Camilo ötlete volt, aki meg akarta lepni a barátját.
Che felavatta a Katonai Kulturális Akadémiát a La Cabaña erődben, megalapította a La Cabaña Libre nevű újságot és oktatást szervezett azoknak a katonáknak, akik meg akartak tanulni írni és olvasni. Emellett tanfolyamokat hozott létre, ahol történelmet, földrajzot, szociológiát, katonai tanulmányokat lehetett folytatni, vagy meg lehetett tanulni sakkozni, sőt, lovagolni. Rendszeresen rendeztek kulturális és sporteseményeket. Véget vetett a kakasviadaloknak, bírót és papot hivatott, hogy a házasodni vágyó katonák megtarthassák az esküvőjüket. Ezután beszédet mondott a havannai orvosi főiskolán, ahol tiszteletbeli doktori címet kapott.
Január 21-én Havannába érkezett Hilda és a hároméves Hildita. Hilda a saját szemével akarta látni Kuba újjáépítését és részt is akart benne venni. Che elmondta a feleségének, hogy egy másik nővel él kapcsolatban és hogy válni akar.

Februárban Che felállított egy bíróságot a La Cabaña-ban, hogy ítéletet mondjanak minden ember felett, akik bűnt követtek el, embereket kínoztak vagy öltek meg Batista uralma alatt. Che mondta ki az utolsó szót a tárgyalások után, így az ellenségei azt állítják, hogy ő maga több ezer embert ölt meg. Valójában erre nincs bizonyíték - kevésbé elfogult források szerint a kivégzettek száma körülbelül kétszáz vagy kevesebb. [Olvass erről többet: Vádak és cáfolatok]

Titkos találkozókon, amelyeken a forradalom olyan vezető alakjai vettek részt, mint Raúl Castro és Camilo Cienfuegos, Che egy titkos katonai szervezetet (G-2) álmodott meg, amely a forradalmi kormány biztonságát szavatolta. Ramiro Valdés lett a parancsnoka.
Che megkapta a kubai állampolgárságot, a Kuba felszabadításában való részvételének elismeréseképpen. Ezt a kitüntetést rajta kívül csupán egyetlen ember érdemelte ki: a dominikai generális, Máximo Gómez, aki a spanyolok ellen vívott kubai szabadságharcban szerzett magának érdemeket. Fidel Castro harminc évre csökkentette a korhatárt, hogy Che megkaphassa a kiváltságot - így argentín-kubai állampolgár lett.

Február 16-án Fidel Castro lett a miniszterelnök és Kubában megkezdődött egy átfogó, gazdasági és szociális reformokban bővelkedő program.  
Márciusban Che annyira túlhajtotta magát a munkában, hogy a szervezete összeomlott és az orvosok egy hosszú pihenőt rendeltek el neki. Kapott egy tengerparti luxusházat a Tarará exkluzív negyedében, éppen elég nagyot ahhoz, hogy kényelmesen elférjen benne ő, Aleida és a testőrei. (A ház egykor Batista egyik vámtisztjéé volt, aki szemmel láthatóan a csekély fizetését sikeresen ki tudta egészíteni egy jókora összeggel.) A Caretas nevű magazin cikket írt az esetről, arra célozva, hogy Che visszaélt a helyzetével. Che dühös lett és egy nyílt levélben válaszolt a vádra. Elmondta, hogy a túlzásba vitt munka miatt lett beteg és hogy a kormány csupán egy időre adta neki a házat - ő a legszerényebbet választotta - mivel az őrnagyi fizetése nem tette volna lehetővé, hogy kibérelje. Megígérte, hogy amint jobban lesz, kiköltözik a házból - két hónappal később így is tett.
Május végére Che ismét remek formában volt, így Aleida-val egy bérelt házba költöztek Santiago de Las Vegas-ba, Havanna egyik külvárosába.

Június 2-án kimondták a válását, és még azon a napon Che feleségül vette Aleida-t egy kis, magán jellegű szertartás keretében a La Cabaña erődben. Amikor a házaspár visszatért az otthonába, Hilda elküldte hozzájuk Hilditát, hogy attól fogva velük éljen. Che nagyon boldog volt, hogy maga mellett tudhatta a kislányát.
Hilda ugyanabban az épületben és ugyanazon a folyosón dolgozott, ahol Che és Aleida, és gyakran meglátogatta az ex-férjét - ez nagyon dühítette Aleida-t, aki nagyon féltékeny volt Che múltjára és a benne szereplő emberekre. Állandó feszültség volt a három ember között, és Che nem mindig tudta sikeresen kezelni a helyzetet az ex és a jelenlegi felesége között.

Június 12-én Che egy hosszú utazásra indult Európában, Ázsiában és Afrikában, hogy kereskedelmi, technikai és kulturális egyezségeket kössön. Minden megállóponton sajtókonferenciát tartott és folyamatosan fotózták.
Járt Madridban (ahol megnézett egy bikaviadal-arénát és egy flamenco műsort), Kairóban, Gázában, Damaszkuszban, a Szuezi-csatornánál, Alexandriában, Port Saidban, azután Új-Delhiben (ahol találkozott az általa nagyon csodált Nehru miniszterelnökkel; megnézte a várost, majd kirándulást tett Kalkuttában és meglátogatta a Taj Mahal-t is, és számtalan fotót készített).
Új-Delhiben Fidel Castro ötleteként csatlakozott a delegációhoz a népszerű rádiós műsorvezető, José Pardo-Llada - Che és ő az első perctől ki nem állhatták egymást és Pardo-Llada minden alkalmat megragadott, hogy ízléstelen történeteket terjesszen Che-ről. Azt állította, hogy Che pornográf levelet írt Aleida-nak (a férfi elolvasta az íróasztalon hagyott levelet, amely egy szexuális aktus leírását is tartalmazta - ami párok között megszokott dolog).
Azután Che Burmába, Thaiföldre, Hong Kongba és Japánba utazott. (Négy tekercs filmet használt fel, hogy megörökítse a pusztítást Hiroshimában. A kubai delegáció minden tagja kapott egy gyöngysort a felesége számára - Che elment a tokiói Mikimoto-üzletbe (ahol a leghíresebb japán gyöngyöket árulják) és ugyanolyan nyakláncot vett Hilda-nak is - hogy fenntartsa a törékeny békét a két nő között).
Július 31-én a delegáció Dzsakartába érkezett, majd folytatta az utat Ceylonban (Sri Lanka), Pakisztánban, Belgrádban (Jugoszlávia), Rómában, Madridban, Sevilla-ban és Casablanca-ban, azután Madridból hazarepültek.

Che szeptember 8-án érkezett vissza Kubába és rövid időn belül őt nevezték ki a Nemzeti Földreform Intézet iparosítási osztályának vezetőjévé. (A munka mellett arra is talált időt, hogy írjon: a Gerillaháború című könyvén dolgozott, valamint a kubai forradalomról szóló, az annak idején vezetett naplóin alapuló The Reminiscences of the Cuban Revolutionary War című könyvén.)

Október 21-én Camilo Cienfuegos ellenforradalmi tevékenység vádjával letartóztatta a lázadó hadsereg egyik parancsnokát, Huber Matost. Öt nappal később megalakultak a nemzeti forradalmi milíciák, hogy felvegyék a harcot az ellenforradalom fenyegetésével. Che-nek kulcsszerepe volt a milíciák fejlesztésében.
Október 28-án Camilo repülőgépe eltűnt a tenger felett, amikor visszatérőben volt Camagüey-ből Havannába. A kiterjedt, napokig tartó keresés ellenére sem találták meg soha sem a testét, sem a repülő maradványait. (Che maga is órákat töltött a levegőben a Cessna repülőgépén.) Che elveszítette a legjobb barátját.

Novemberben Che lett a Nemzeti Bank elnöke, teljes felelősséget kapott az ország pénzügyei felett. Kuba, az addig az amerikai Fort Knoxban tartott arany- és dollárkészletét többféle külföldi valutára váltotta, majd svájci és kanadai bankokban helyezte el - így jelentős pénzösszeget mentett meg az amerikai kormánytól, amikor az később kubai érdekeltségeket tulajdonított el. Következő hónapban magasabb szintű matematikát kezdett el tanulni, és megkérte Salvador Vilaseca professzort, hogy minden nap reggel 7 és 8 óra között tanítsa őt. (A leckék három éven keresztül folytak.) Amikor befejezte a tanulást, Che nekikezdett a munkanapjának.

December 28-án Che tiszteletbeli doktori címet kapott pedagógiából a Las Villas-i Központi Egyetemtől. Beszédjében a faji és szociális integrációról beszélt - hogy az egyetemeknek "feketére, mulattóra kell festeniük magukat, de nemcsak a diákoknak, hanem az oktatóknak is; át kell festeniük magukat a munkások és a parasztok és az emberek színére, mert az egyetem nem egy ember tulajdona, hanem a kubai népé."