Che szemében a szovjet módszer a szocializmus elérésére a kapitalizmus eszközeit is felhasználta - ez nem tetszett neki.
Che "Új Ember'-e megértené, hogy nem az anyagi javakért dolgozik, hanem azért, mert ez önzetlen erkölcsi kötelessége a közösséggel szemben - és cserébe a közösség gondoskodna róla és a családjáról. Hogy ez az Új Ember megszülethessen, a forradalom megszüntette az írástudatlanságot és mindenki számára elérhető egészségügyi rendszert hozott létre. [Che őszintén hitt ebben az elképzelésben, ezért írta a Fidel Castro-nak szánt búcsúlevelében, hogy nem aggódik amiatt, hogy nem hagy vagyont a családjára, mert  a forradalom majd gondoskodik róluk.)

Februárban Che öt napot töltött a Ciro Redondo cukormalomban, egy cukornád-vágó gépet vezetve. Napi tizenkét órát dolgozott, majd átvizsgálta a gépet. Ezután Camagüey-be utazott, hogy záróbeszédet mondjon a Nemzeti Cukoripar plenáris ülésén, ahol beszélt a gépesítésről, a termelésről és a társadalmi munkaversenyről. Azt gondolta, hogy ez lenne a módja annak, hogy fejlessze az emberek tudatát, ami arra ösztönözné őket, hogy még hatékonyabban dolgozzanak - cserébe mindenkinek több pénz és jólét jutna. Felelősséget vállalt a sziget teljes termeléséért és eltökélten harcolt azért, hogy sikert érjen el.

Che édesanyja, Celia márciusban elhagyta Havannát és Európába utazott. Amikor hazaért Buenos Airesbe, hamis vádakkal letartóztatták (kommunista propaganda becsempészése) és börtönbe zárták.
Celia Guevara, Che és Aleida harmadik gyermeke, 1963. június 14-én született. Che édesanyja után kapta a nevét, aki még mindig a börtönben volt. A család és a barátok mindent megtettek, hogy kiszabadítsák, majd a gyors bírósági tárgyalást rendeztek a börtönben és mielőtt a hatóságok rájöttek volna, mi is történt, Celia de la Serna kiszabadult és titokban Montevideo-ba érkezett.

Június végén Che Algériába repült, hogy képviselje Kubát az ünnepségen, amelyen az ország függetlenségének első évfordulójáról emlékeztek meg (megszabadulva a francia uralomtól), ugyanekkor találkozott Ahmed Ben Bella miniszterelnökkel. Amíg távol volt, az USA totális embargót vezetett be Kuba ellen.
Amikor szeptember végén Che visszatért Havannába, beszédet mondott az építésztanulók első nemzetközi találkozójának záróceremóniáján. "Ennek a nemzedéknek kell önfeláldozásával megfizetnie a győzelem árát. Nap, mint nap fel kell áldoznia magát, hogy az erőfeszítésével a holnapot építse... A kötelezettségeitek túlnyúlnak Kuba határain; a kötelezettség, hogy terjesszétek a forradalom ideológiai lángját az amerikai földrész minden pontján, a világ minden pontján, ahol a hangunk hallható."

November 22-én Kennedy elnököt megölték - az állítólagos gyilkos Lee Harvey Oswald kommunista volt, orosz feleséggel az oldalán és korábban járt Kubában. A spekulációk még ma is folynak - talán Fidel Castro, a szovjetek, vagy a Miami-ban élő kubaiak akarták Kennedy-t holtan látni?

Che sosem adta fel azt az elképzelését, hogy visszatér Argentínába és forradalmat robbant ki a jobboldali katonai vezetők ellen. (Mielőtt Kubába indultak volna, Fidel Castro megígérte neki, hogy a győzelmük után elengedi Argentínába és segíteni fogja.) 1963-ban megkezdődtek az előkészületek: titokban embereket toboroztak, vizsgáztattak és képeztek ki - ezt a feladatot többek között Alberto Granado és Jorge Ricardo Masetti végezte. A rakétaválság alatt Che magával vitte az argentín újoncokat Pinar del Río-ba, majd további kiképzésre küldte őket Algériába. 1963. június 21-én az öttagú előőrs (Ejército Guerrillero del Pueblo (A nép gerillahadserege) néven) illegálisan belépett  Argentínába, majd újabb emberek csatlakoztak hozzájuk.
Masetti a Segundo (a Második) álnevet viselte, arra utalva, hogy ő csak a második volt Che Guevara mögött, aki az első számú parancsnok volt. De a hadjárat tragikusan végződött. A gerillákat elfogták és megölték, vagy éhen haltak. Masetti holttestét sosem találták meg, de valószínűleg őt is megölték.

Decemberben Che záróbeszédet mondott a Dél-Vietnámi Népért tartott Szolidaritás Hetén.

1964 a Forradalmi Palotában rendezett fogadással, majd a következő napon egy, a Plaza de la Revolución-on tartott tömeggyűléssel kezdődött.
Januárban Che aláírt egy technikai egyezményt a Szovjetunió képviselőivel, majd a hónap végén csatlakozott Fidel Castro-hoz egy Oro de Guisa-i farmon, ahol szovjet cukornád-arató gépeket teszteltek.

Február 3-án Che Guanahacabibes-ba, Pinar del Río-ba repült a Cessna gépével, ahol egy kísérleti javítóintézetet alapított. A minisztériumában dolgozó tisztviselők, akik elkövettek valamilyen hibát, aláásva a forradalom haladását, beleegyeztek, hogy a saját akaratukból eltöltenek ott egy kis időt. (A létesítmény önellátó volt, székeket, mézet és viaszt készítettek eladásra.) Aki bebizonyította, hogy megtanulta a leckét, visszatérhetett a munkahelyére. Aki nem volt hajlandó önként jelentkezni az intézetbe, többé nem dolgozhatott Che-vel.

Che nemcsak Dél-Amerikában, hanem az egész világon híres lett. Rengeteg levelet kapott. Egyik nap a marokkói María Rosario Guevara írt neki, azt kérdezve, vajon rokonok-e. Che így válaszolt neki február 20-án:
"Nem hiszem, hogy közeli rokonok lennénk, de ha Ön képes remegni a felháborodástól, akárhányszor arról hall, hogy a világban igazságtalanság történik, akkor bajtársak vagyunk és ez sokkal fontosabb." A kifejezés "Ha Ön képes remegni..." egy idézet José Martí-tól, a kubai költőtől és szabadságharcostól, akit Che csodált és akitől gyakran idézett.

Márciusban Che volt a kubai delegáció vezetője a Genfben, az Egyesült Nemzetek által rendezett Kereskedelmi és Fejlődési Konferencián. Március 25-én felszólalt: "Az egyetlen módja, hogy megoldjuk a problémákat, amelyek most az emberiséget szorongatják, az, hogy teljesen felszámoljuk a fejlett országoknak azt a szokását, hogy kizsákmányolják a fejlődő országokat..."
Szigorúan bírálta azt is, hogy Észak Korea, a Vietnámi Demokratikus Köztársaság és a Német Demokratikus Köztársaság képviselői nem lehettek jelen a gyűlésen - ellenben megjelenhetett az apartheid rendszerű Dél-Afrika. Elmondta, hogy minden résztvevőnek vér tapad a kezéhez: Patrice Lumumba, a kongói radikális miniszterelnök vére, akit 1961-ben az Egyesült Nemzetek csapatai előtt gyilkoltak meg.

Miután visszatért Havannába, június 26-án Che záróbeszédet mondott az iparügyi minisztérium nevében a cukornád-aratókhoz intézve: "A földeken végzett önkéntes munka mélyebbé teszi a munkások tudatosságát and azt hiszem, hogy ez különösen fontos az értelmiségi munkásaink számára, mert ez az egyetlen módja, amelyen keresztül valóban meg tudják tapasztalni és érteni a problémákat."

Augusztus 15-én Che egy kommunista munka-oklevelet és kitűzőt kapott egy munkástól, Félix Arnet-Silveira-tól, amiért 240 órányi önkéntes munkát végzett az év első felében. Pillanatokkal korábban ő adott át egy oklevelet Arnet-Silveira-nak, aki a legkiemelkedőbb munkás címét nyerte el, 1600 órányi önkéntes munkájával.
Ugyanebben a hónapban Bolívia megszakította a diplomáciai kapcsolatokat Kubával.

Októberben Che a Szovjetunióba utazott, hogy részt vegyen és Kubát képviselje az 1917-es forradalom 47. évfordulójára rendezett ünnepségeken. Két hetet töltött ott november 4. és 19. között. Többek között régi barátjával, az űrhajós Jurij Gagarinnal is találkozottt.
Visszatérve Kubába, beszédet mondott az 1956. november 30.-i santiago-i felkelés áldozatainak rendezett emlékünnepségen: "Kuba neve annak a jelképe, mit érhet el a forradalmi harc, és azt a hitet is jelképezi, hogy a világ egy jobb hely lehet; ez az az eszme, amiért érdemes az életünket kockáztatni, amiért érdemes meghalni, a világ minden kontinensének harcmezején."

December elején Che New York-ba utazott a kubai delegáció vezetőjeként, hogy részt vegyen az Egyesült Nemzetek december 11-én megrendezett 19. évi közgyűlésén.
Merész és őszinte beszéde ráébresztette a dél-amerikai népeket, hogy a függetlenség kivívható. Costa Rica, Nicaragua, Venezuela, Kolumbia és Panama, valamint az USA képviselői támadták a beszédét, mire Che elmondta, hogy ő hajlandó bármelyik latin-amerikai ország függetlenségéért meghalni, anélkül, hogy cserébe ellenszolgáltatást várna vagy kérne.
Az ENSZ székháza előtt dühös Castro-ellenes tüntetők csoportosultak és kétszer is megpróbálták megölni Che-t. Egy nő késsel támadt rá, amikor Che éppen távozott az épületből, de a testőrei még időben leszerelték a támadót; egy csónakból pedig rakétával célozták meg az épületet, ahol felszólalt - a lövedék azonban nem messze a kilövési helytől, a vízbe csapódott.
Miután New York-ból távozott, Che Afrikába utazott Kanadán és Írországon keresztül - három hónapot töltött ott. Járt Algériában, Maliban, Kongó-Brazzaville-ben, Guinea-ban, Ghana-ban, Dahomey-ben, Tanzániában és Egyiptomban, és beszédeket mondott.