Márciusban vezették be a jegyrendszert (Libreta de consumo) is (amely máig érvényes Kubában). Amikor az emberek panaszkodtak, hogy lehetetlen megélni abból, amennyit a jegyrendszer engedélyez, Che vitába szállt velük és közölte, hogy ő és a családja jól kijönnek belőle. Ezután kiderült, hogy ő két csomag jegyet kapott - egyet miniszterként, egyet pedig comandante-ként. Amikor Che ezt megtudta, azonnal utasította Aleida-t, hogy küldje vissza az egyiket.

Áprilisban Che a National Council of the Central de Trabajadores de Cuba (Kubai Munkások Szövetsége) záróülésén elnökölt. Azt mondta: "A forradalmat heves tempóban kell véghez vinni; aki elfárad, annak joga van elfáradnia, de ahhoz nincs joga, hogy élharcosnak nevezze magát."
Május 20-án megszületett Che első fia, Camilo - Che hihetetlenül boldog volt, hogy végre megszületett a fiúörökös. A kisbabát Camilo Cienfuegos nevezte el.

Augusztus 26-án Che és Emilio Aragonés a Szovjetunióba utazott, hogy technikai, mezőgazdasági, acél és katonai ügyekben tárgyalásokat folytasson. Jaltában augusztus 31-én és szeptember 2-án több egyezményt írtak alá. (Találkoztak Nikita Hruscsovval a krími nyaralójában, ahol arról tárgyaltak, hogy Kuba területére hamarosan szovjet rakéták kerülnek.)
Che még egy interjút is adott Moszkvában, majd szeptember 6-án visszaérkeztek Havannába.

Október folyamán több amerikai U2 kémrepülőgép repült el Kuba felett és fényképeket készített az ország nyugati részéről, különösen Pinar del Río területéről, ahol az amerikai városokat megcélzó szovjet rakéták és a hozzájuk tartozó létesítmények voltak láthatóak.
Október 22-én Kennedy azzal vádolta Kubát, hogy szovjet nukleáris fegyvereket tart és közölte a világgal, hogy úgy döntött: tengeri blokád alá vonja a szigetet - titokban pedig további katonai akciókra készült. Október 23-án Hruscsov elítélte a blokádot. A két államfő veszélyes játékba kezdett. (Mivel az amerikai kormány már korábban több európai országba telepített szovjet városokat megcélzó rakétákat, ezért a szovjetek úgy gondolták, hogy azzal vágnak vissza, hogy felajánlanak Kubának néhány rakétát. A tárgyalásokat Raúl Castro vezette.)

Kuba a blokádra azzal válaszolt, hogy mozgósította a népet és riadókészültségbe helyezte a katonaságot, felkészülve az amerikai invázióra. Che lett a Pinar del Río-ban állomásozó erők parancsnoka - a főhadiszállását egy hegyi barlangban állította fel, közel a San Cristóbal-i rakétaállomáshoz.
(Ezalatt Che édesanyja látogatta meg a fiát és első fiúunokáját. Celia éppen a mellrák újabb kiújulásából lábadozott, és miután békésen elvált a férjétől, politikai aktivistaként tevékenykedett.)
Egyfajta macsó versengés indult meg Castro és Kennedy között, miközben Hruscsov játszotta a maga kis játékát és a világ egy atomháború kitörésétől félt.
Október 27-én egy újabb U2 kémrepülő sértette meg a kubai légteret Észak-Oriente felett, mire a szovjet parancsnok lelövette a gépet.
Október 28-án Hruscsov véget vetett a rakétaválságnak: nyilvánosan bejelentette, hogy minden rakétát kivon Kuba területéről és visszaszállítja őket a Szovjetunióba, ha az USA megígéri, hogy nem szállja meg Kubát. A kubai rakétaválság 13 napig tartott.
Castro nem tudott a Hruscsov és Kennedy közötti tárgyalásokról - emiatt nagyon dühös és frusztrált lett, és nagyon csalódott a szovjetekben.

November 20-án visszavonták a tengeri blokádot, de a többi szankció érvényben maradt.
Decemberben Che interjút adott a brit kommunista újságnak, a Daily Worker-nek. Elmondta, hogy ha a kubaiak kezelték volna a szovjet rakétákat, akkor ki is lőtték volna azokat: "Frente al agresor solo cabe la lucha a muerte." (Ha valaki megpróbál elkapni, nincs más esélyed, csak harcolni a végsőkig.) Ez is bizonyította, mennyire hitt a fegyveres megoldásban és hogy mennyire csalódott a Szovjetunióban - és ezt nem is rejtette véka alá.

Noha a válság végetért, az amerikai kormány tovább folytatta a szabotázsakcióit, hogy meggyengítse a forradalmi kormányt. Castro több merényletet és támadást is túlélt - felrobbanó szivarokat és tollakat, mérgezett tablettákat és egy alkalommal halálos gázt juttattak a búvárkodáskor használt oxigénpalackjába.
Eközben Kubában a kormány programot indított a kubai kultúra népszerűsítéséért. (Che volt a program egyik legfőbb hajtóereje.) Az első könyv, amit ingyen árultak, a Don Quijote de la Mancha volt. Új múzeumok, művészeti iskolák és színházak létesültek. A zenészek fizetést kaptak és az állam támogatta, hogy a köznép is részt vehessen olyan költséges szórakozásokban, mint a balett, színház és klasszikus zene. Bátorították az afro-kubai hagyományokat és kulturális tevékenységeket. A cél az volt, hogy visszaszorítsák az amerikai kultúra hatását. Az állam átvette az irányítást minden kulturális ág felett és minden ilyen jellegű tevékenységet engedélyeztetni kellett a megfelelő hivatalos szervezettel.