Ernesto Guevara de la Serna 1928. június 14-én született Rosario-ban, Santa Fé megyében, Argentínában, Celia de la Serna y Llosa és a spanyol és ír ősöktől származó Ernesto Guevara Lynch első gyermekeként.
Celia rendkívűli asszony volt: intelligens, vonzó, elegáns és merész - nadrágot viselt, dohányzott és rövid frizurát vágatott egy olyan korban, amikor ez még szokatlan volt egy nőtől. Folyékonyan beszélt franciául és Ernesto-nak is megtanította ezt a nyelvet. Mindig nagyon közeli kapcsolatban volt az elsőszülött fiával - egészen az 1965-ben, mellrák miatt bekövetkezett haláláig.
Ernesto és Celia ateisták voltak, megvetették a papokat és az álszent viselkedésüket - ha időnként vasárnapi misére mentek, azt csak a társasági élet kedvéért tették, mert ott találkoztak a barátaikkal. Mindig segítették a szegényeket és a forradalmárokat.  Ernesto Guevara az Acción Argentina csoport tagja is volt - az Argentínában bujkáló náci kémeket kutatták fel.

1928-ban, a titkos esküvő után, a friss házasok a Puerto Caraguatay-ban található yerba mate ültetvényre költöztek. (A yerba mate egyfajta zöld tea, argentín nemzeti ital, Che nagy kedvence - egész életében ezt itta). Első gyermekük születésére vissza akartak utazni Buenos Aires-be, de a baba félúton, Rosario-ban megszületett.
A boldog szülők Teté-nek, majd Ernestito-nak becézték a kisfiút - hogy megkülönböztessék a szintén Ernesto nevet viselő apától - és ezen a néven szólították még felnőtt korában is.
A kisfiú élete első két évét az ültetvényen töltötte, abban a házban, amit az apja tervezett és épített. A család nem volt gazdag, az apának mindig dolgoznia kellett, de mivel mindkét szülő művelt ember volt, ragaszkodtak ahhoz, hogy a gyermekeik is tanuljanak és egyetemet végezzenek. (Az ötből négy Guevara csemete lett diplomás: Ernesto orvos lett, Celia és Ana María építészek, Roberto pedig ügyvéd. Csak Juan Martín nem szerzett diplomát - belőle gerillaharcos lett.)
1930-ban megszületett Celia, a második Guevara gyermek, Buenos Aires-ben - ezután a család visszatért az ültetvényre. Ekkor jelentkezett Ernesto első asztmarohama - ez a betegség kihatott az egész életére, hiszen halála napjáig szenvedett tőle. (A másik négy Guevara gyerek is asztmás volt, de nagyon enyhe formában és ifjúkorukra ki is nőttek belőle.) A családnak költöznie kellett és Buenos Aires-t választották a száraz levegője miatt. Azt remélték, hogy Ernesto egészségi állapota javulni fog.
1932-ben megszületett Roberto, a harmadik Guevara gyermek és ezután ismét költöztek - ezalkalommal Córdoba dombjai közé. Ernesto egészsége itt is hullámzó állapotot mutatott, így Alta Gracia-ban kezdtek új életet - itt éltek 1933 és 1944 között.

Ernesto sokkal jobban érezte magát, könnyebben lélegzett, noha a ritkábban jelentkező asztmarohamok hevesek voltak és nagyon megviselték - ilyenkor hosszabb ideig ágyban kellett maradnia. A szülei arra bátorították, hogy éljen normális életet és ő elhatározta, hogy sosem fogja engedni, hogy a betegsége bármiben is megakadályozza.
Az asztma ellenére Ernesto tanult (otthon, az édesanyja segítségével, mivel kilencéves koráig nem tudott rendszeresen iskolába járni), szenvedélyesen olvasott - nemcsak szépirodalmi, hanem később filozófiai és politikai műveket is a világ legkülönbözőbb szerzőitől. Franciául folyékonyan beszélt, sőt, verseket szavalt). Sokat sportolt. Úszott és labdajátékokban vett részt, sőt, még rögbizett is - ilyenkor mindig nála volt az inhaláló készüléke, meccseken pedig egy barátja rohant mellette a pálya szélén, hogy odaadhassa neki a készüléket, ha szüksége volt rá. A rögbipályán szerezte az egyik becenevét is - Fúser (jelentése: dühös), köszönhetően a heves, vad játékstílusának. Az apja sakkozni tanította és 12 éves korától versenyeken vett részt.
Népszerű fiú volt, sok baráttal - egyikük, Carlos "Calica" Ferrer volt az, akivel a második dél-amerikai útját tette. Jóbarátok lettek - és nemcsak azért, mert egyikük sem tudott táncolni és mert mindketten botfülűek voltak - ennek ellenére népszerűek voltak a lányok körében.
1934-ben megszületett Ana María, a negyedik Guevara gyermek. Ezután a család a Villa Nydia-ba költözött, amely ma Che Guevara Múzeum. A nyarakat a tengerparton, Mar de Plata-n töltötték.

1941-ben Ernesto befejezte az általános iskolai tanulmányait az Escuela Pública San Martín-ban, majd 1942-ben a Colegio Nacional Deán Funes-ben, Córdoba városában kezdett el tanulni. Itt találkozott és barátkozott össze Tomás Granado-val, akinek a bátyja, Alberto, az egyik legjobb barátja lett. Később együtt tették meg a híres motorbiciklis utazást Dél-Amerikában. A fiúk együtt rögbiztek és imádtak olvasni.
1943-ban a család Córdoba városába költözött, nem sokkal az ötödik Guevara gyermek, Juan Martín születése előtt. A Calle Chile-n állt a házuk.



1945-ben Alberto-t őrizetbe vették, miután részt vett egy diáktüntetésen, Ernesto pedig meglátogatta őt és ennivalót vitt neki. Ekkor közölte, hogy ő csak akkor hajlandó csatlakozni a tüntetőkhöz, ha fegyvert adnak a kezébe - hiszen esze ágában sem lett volna fegyvertelenül kiállni a revolverrel felfegyverzett rendőrök elé.
1946-ban a Guevara család visszatért Buenos Aires-be - immár örökre. Ernesto még Córdoba-ban maradt, hogy befejezze a tanulmányait. Munkát is szerzett - a vidéki úthálózat minőségét vizsgáló bizottság alkalmazottja lett. Következő évben leérettségizett és visszatért a családjához - ahol szomorú hírek fogadták.
Szeretett nagyanyja megbetegedett és hamarosan meg is halt - Ernesto el nem mozdult az ágya mellől és mellette töltötte az asszony életének utolsó tizenhét napját. A fiút teljesen lesújtotta a hír - ráadásul akkoriban műtötték meg az édesanyját, aki mellrákban szenvedett. Ekkor határozta el, hogy a Buenos Aires egyetem orvosi karán folytatja a tanulmányait.